Riqueza de especies de félidos de Costa Rica

Carga de bibliotecas

library(tidyverse)
library(sf)
library(tmap)

Carga de datos

Cantones

# Cargar datos de cantones de Costa Rica
cantones <- st_read(
  "cantones-simplificados.gpkg",
  quiet = TRUE
)

Félidos

# Lectura de un archivo CSV con registros de presencia de félidos en Costa Rica
felidos <- st_read(
  "felidos.csv",
  options = c(
    "X_POSSIBLE_NAMES=decimalLongitude", # columna de longitud decimal
    "Y_POSSIBLE_NAMES=decimalLatitude"   # columna de latitud decimal
  ),
  quiet = TRUE
)

# Asignar CRS WGS84
st_crs(felidos) <- 4326

Procesamiento

Unión espacial de félidos y cantones

# Unión espacial de félidos y cantones (solo la columna CÓDIGO_CANTÓN),
# mediante el predicado st_within().
# Como resultado, CÓDIGO_CANTÓN se une al conjunto de datos de félidos.
felidos_union_cantones <- st_join(
  x = felidos,
  y = dplyr::select(cantones, CÓDIGO_CANTÓN), # selección de columna CÓDIGO_CANTÓN
  join = st_within
)

Conteo de la cantidad de especies de félidos en cada cantón

# Conteo de la cantidad de especies de félidos en cantones
riqueza_especies_felidos_cantones <-
  felidos_union_cantones |>
  st_drop_geometry() |>
  group_by(CÓDIGO_CANTÓN) |>
  summarize(riqueza_especies_felidos = n_distinct(species, na.rm = TRUE))

Unión no espacial de cantones con el dataframe de riqueza de especies en cantones

# Unión (no espacial) de cantones y riqueza de especies
cantones_union_riqueza <-
  left_join(
    x = cantones,
    y = dplyr::select(riqueza_especies_felidos_cantones, CÓDIGO_CANTÓN, riqueza_especies_felidos),
    by = "CÓDIGO_CANTÓN"
  ) |>
  replace_na(list(riqueza_especies_felidos = 0))

Mapa de riqueza de especies de félidos

# Activar el modo interactivo
tmap_mode("view")

# Definir el mapa
mapa_riqueza_felidos_cantones <-
  tm_view(
    set_view = c(lon = -84.2, lat = 9.6, zoom = 7)
  ) +  
  tm_basemap("OpenStreetMap", "Esri.WorldImagery") +
  tm_shape(cantones_union_riqueza, name = "Riqueza de especies de félidos") +
    tm_fill(
      fill = "riqueza_especies_felidos",
      fill.scale = tm_scale_intervals(
      style  = "quantile",
      values = "Reds"
    ),
    fill.legend = tm_legend(title = "Riqueza"),
    id = "CANTÓN",
    popup.vars  = c(
      "Cantón" = "CANTÓN",
      "Riqueza" = "riqueza_especies_felidos"
    )
  ) +
  tm_borders(col = "black", lwd = 0.5) +
  tm_scale_bar(position = c("left", "bottom"))


# Mostrar el mapa
mapa_riqueza_felidos_cantones