Modelos de nichos ecológicos


Manuel Vargas (mfvargas@gmail.com, manuel.vargas_d@ucr.ac.cr)
Marzo 2024

La biodiversidad está distribuida de manera heterogénea en la Tierra

  • Las zonas bajas son más biodiversas que las zonas altas.
  • Los bosques tropicales y los arrecifes de coral son muy ricos en biodiversidad, pero en los desiertos o en los polos es muy escasa.
  • La biodiversidad terrestre tiende a ser más abundante en zonas cercanas al ecuador.
  • La biodiversidad marina es más abundante en el océano Pacífico occidental.
  • Distribución espacial de la biodiversidad

    Riqueza de aves en MOL
    Riqueza de especies de aves en el mundo (MOL, 2023) (mapa actualizado)

    Distribución espacial de la biodiversidad

    Riqueza de mamíferos en MOL
    Riqueza de especies de mamíferos en el mundo (MOL, 2023) (mapa actualizado)

    Distribución espacial de la biodiversidad

    Riqueza de mariposas en MOL
    Riqueza de especies de mariposas en el mundo (MOL, 2023) (mapa actualizado)

    Distribución espacial de la biodiversidad

    Riqueza de coníferas en MOL
    Riqueza de especies de coníferas en el mundo (MOL, 2023) (mapa actualizado)

    Datos de biodiversidad disponibles

    Registros de presencia en GBIF
    Registros de presencia en el mundo (GBIF, 2023) (mapa actualizado)

    Datos de biodiversidad disponibles

    Registros de presencia de aves de Costa Rica en GBIF
    Registros de presencia de aves en Costa Rica (GBIF, 2023) (datos actuales)

    Limitaciones de los datos de biodiversidad disponibles

  • Con frecuencia, son escasos o incompletos.
  • Los que están disponibles tienen sesgos:
    • Espaciales
    • Taxonómicos
    • Temporales
  • Razones para conocer la distribución de la biodiversidad

    Vacíos de conservación
    Vacíos de conservación
    Imagen de Sinac
    Especies invasivas
    Especies invasivas
    Imagen de Alexander Vasenin

    Razones para conocer la distribución de la biodiversidad

    Vectores de enfermedades
    Vectores de enfermedades
    Imagen de Jim Gathany
    Impacto del cambio climático
    Impacto del cambio climático
    Imagen de FWS

    Modelos de nichos ecológicos

  • Permiten representar el espacio ecológico (ej. temperatura, precipitación, radiación solar) que ocupan las especies.
  • A partir de un modelo de nicho se puede estimar la distribución geográfica de una especie.
  • Utilizan datos que, en la actualidad, son cada vez más accesibles.
  • Modelos de nichos ecológicos

    Esquema de modelo de nicho ecológico
    Ejemplo de modelo de nicho ecológico
    Imagen de Pham Thanh Van

    Teoría de nichos ecológicos: Joseph Grinnell (1877-1939)

    Grinell
    Grinell
    Grinnell

    Teoría de nichos ecológicos:
    G. Evelyn Hutchinson (1903-1991)

    Hutchinson
    Hutchinson

    Teoría de nichos ecológicos: Evelyn Hutchinson (1903-1991)

    Hutchinson definió el nicho ecológico como la suma de todos los factores ambientales que actúan sobre un organismo.

    Hutchinson

    El nicho es una región en un espacio n-dimensional. Se definen dos nichos:

    Nicho fundamental: todos los aspectos del espacio n-dimensional en la ausencia de otras especies.

    Nicho realizado: la parte del nicho fundamental a la que la especie ha sido restringida debido a interacciones específicas.

    Relación entre los espacios geográfico y ambiental ("dualidad de Hutchinson")

    Espacios geográfico y ambiental

    Componentes del modelado de nichos ecológicos

    Componentes del modelado de nichos ecológicos

    Datos ambientales

    Datos ambientales
    Datos ambientales y escala
    Imagen de Ángela Cuervo

    Fuentes de datos ambientales: WorldClim

    WorldClim
    WorldClim

    Fuentes de datos ambientales: WorldClim

    WorldClim
    Variables bioclimáticas de WorldClim

    Fuentes de datos ambientales: otros

  • CHELSA: Climatologies at High Resolution for the Earth’s Land Surface Areas
  • MERRAclim: high-resolution global dataset of remotely sensed bioclimatic variables for ecological modelling
  • Datos de presencia

    Colección de historia natural
    Colección de historia natural
    Imagen de Materialicius
    Especies invasivas
    Etiquetas de especímenes
    Imagen de Western Ground Parrot History

    Datos de presencia

    Ciencia ciudadana
    Ciencia ciudadana
    Imagen de GlobalChange.gov
    Observación de aves
    Observación de aves
    Imagen de Maclean's

    Datos de presencia

  • Son registros acerca de la presencia de un taxón (ej. una especie) que incluyen su localización (idealmente con coordenadas), su temporalidad (ej. año, fecha) y otros elementos adicionales (ej. taxonomía superior, recolector, identificador).
  • Se prefieren los datos primarios (i.e. sin agregar o interpretar).
  • Sus elementos (i.e. campos, columnas) están estandarizados a través del Darwin Core.
  • Fuentes de datos de presencia: GBIF

    Sitio web de GBIF
    Sitio web de GBIF (2023)

    Interfaz de GBIF

    Interfaz del sitio web de GBIF
    Interfaz del sitio web de GBIF

    API de GBIF

    API de GBIF
    API de GBIF

    Fuentes de datos de presencia: otros

  • eBird
  • VertNet
  • iNaturalist
  • Algoritmos

  • Relacionan los datos ambientales y de presencia.
  • Utilizan varios enfoques:
    • Regresión.
    • Inteligencia artificial (ej. algoritmos genéticos, redes neuronales artificiales).
    • Entropía máxima.

    Maxent

    WorldClim
    WorldClim

    Maxent

    WorldClim
    Impacto de Maxent
    Imagen de Townsend Peterson

    Recursos sobre Maxent

  • "Maxent software for modelling species niches and distributions" (página principal)
  • Tutorial oficial (en inglés)
  • Tutorial de taller del Minae (en español)
  • Otras herramientas

  • openModeller
  • Wallace
  • dismo
  • Ejercicio

  • Descargue de GBIF los registros de presencia de Pharomachrus mocinno (quetzal) en Costa Rica.
  • Genere un modelo de distribución mediante Maxent, utilizando las capas ambientales de WorldClim.
  • Puede utilizar la guía y las capas recortadas para Costa Rica disponibles en este tutorial.